De voordelen van het gebruik van FFU's in cleanroomomgevingen zijn talrijk.Ten eerste bieden ze een hoger niveau van filtratie dan HVAC-systemen, waardoor zelfs de kleinste deeltjes uit de lucht worden verwijderd.Hierdoor wordt de luchtkwaliteit in de cleanroom op een hoog niveau gehouden.

Ten tweede zijn FFU's mobiel en kunnen ze indien nodig eenvoudig door de cleanroom worden verplaatst, waardoor lokale luchtfiltratie wordt geboden waar dit het meest nodig is.Ten slotte werken FFU's stil, waardoor ze geschikt zijn voor gebruik in omgevingen waar het geluidsniveau tot een minimum moet worden beperkt.

Over het algemeen zijn de voordelen van het gebruik van FFU's in cleanroom-omgevingen onder meer een hogere filtratie-efficiëntie, lokale luchtfiltratiemogelijkheden en stille werking.